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安史之乱以后，唐朝统治遭受到沉重打击。高门士族用以垄断文化的政治经济基础不复存在，外有藩镇割据，内有宦官专权，再加上连年战乱，唐朝的统治也已经岌岌可危。
在唐朝后期，本是寒门子弟用以入仕的科举途径，却被世族子弟所垄断。在朱温掌权后，他们也迎来了最终的结局。
朱温想将自己的亲信提拔为高官，遭到宰相裴枢等人反对，于是朱温就将他们全部贬官驱逐。
公元905年，朱温在白马驿将这些自认衣冠清流的政敌全部杀死，尸体扔进黄河中，士族门阀这一概念也彻底成为历史了。
唐朝灭亡后，中国进入五代十国时期，皇帝轮流做，政权更迭极为频繁，各路藩镇军阀将领都选择自己招募幕僚文士用来出谋划策，处理后勤文书工作。
宋朝名相赵普就是出身于赵匡胤的幕府。在这种情况下，通过科举制度选拔出来的文官自然要让位给皇帝的自己人。到了宋太宗赵光义时，科举制度又一次得到了完善。
宋太宗赵光义是继承兄长赵匡胤的皇位，属于篡位而非传统的父子，而且赵匡胤的两个儿子也在赵光义时期离奇死亡。
不管赵光义有多么理直气壮地声称自己的皇位合理合法，但是群臣对赵光义这个皇帝还是心有疑虑的。
为了拉拢人心，同时也为了巩固自己的地位，赵光义一方面限制武将兵权，一方面大搞科举扩招，把朝堂内外全部换上自己挑出来的天子门生。其子，宋真宗更是大力宣传“书中自有黄金屋，书中自有颜如玉”。
然而宋朝的科举也并非完全公平，高官子弟可以通过单独考试取得入仕资格，再加上他们彼此之间互相联姻，形成了盘根错节的利益关系。
但是相比于之前的高门士族，宋朝的士大夫再也无法对皇权产生威胁。而元朝又是另一番景象了。元朝科举仅实行了45年，取士人数不过千人，是科举制度自实行以来规模最小的一朝。
不仅科举规模小，而且元廷对通过科举入仕的官员也不重视，实际掌权的仍然是大贵族。
此外，作为南宋后裔的南人，在元朝是最受歧视的群体，不仅科举名额极少，而且升迁也很不容易。明朝开国名臣李善长、宋濂等人都没有在元朝考过科举。
明朝的科举也经历了由废到兴的时期，虽然朱元璋在开国第三年就设立科举，但是洪武一朝依然是举荐和科举并进。换在以前，通过举荐制度可以大搞裙带关系。
但是在朱元璋手下干活，不论是通过举荐还是科举入仕，能保住性命都很不错了。洪武四大案杀的人头滚滚，血流成河。朱元璋晚年的南北榜更是把主考官和状元都送去见了阎王。
在1397年的会试中录取的51人全部都是南方士子，放榜以后遭到北方士子抗议。朱元璋认为其中存在舞弊，下令彻查，但是主考官却坚持认为录取结果并无问题，考官完全是凭真才实学录取。
朱元璋大怒，下令将主考官发配流放，使第一名陈安也被处死。朱元璋亲自阅卷重新录取了61人，全部都是北方人，史称南北榜案。最终促成明朝按地域取士的公平。
1425年，明宣宗朱瞻基下令会试分南北中三卷取士。明朝科举还有一个重要的改变，就是额外设立庶吉士考试，在新科进士中选拔进入翰林院的人才，继而入阁辅政。
到了明朝中后期，内阁大学士基本都是庶吉士出身。清朝科举继承明代制度，但是为宗室和八旗子弟增设科目，方便他们进入仕途。
清朝时科举制度的种种弊端已经暴露无遗，明清科举考试皆采用八股文文体进行考试，对格式要求极高，而且只能从朱熹的《四书章句集注》等书中出题，而且也不能重复。
几百年下来，考官出题也成了一个基础活，只能从书中摘出词句，强行拼接。在这种情况下，科举考试已经丧失了选拔人才的初衷，变成为科举而科举。
当时的有识之士也提出改革科举，废除八股取士，但是都遭到皇帝驳回。世界正在风云变幻，欧洲列强攻城略地，而清朝却依然抱着儒家经典，做着天朝上国的美梦，迟迟不愿醒来。
即使在近代遭到列强的强力冲击，不得不割地赔款，但是事关国家根本的科举和教育制度改革依然阻力重重。梁启超提出“欲维新我国，当唯新民；欲维新民，首先应该改革科举和教育制度”。
1901年，慈禧太后终于下旨改革科举制度，废除八股文取士，广开新式学堂。4年后科举正式废止。实行了1400余年的科举制度，也正式退出历史舞台。