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且说方腊亲至，大元军和永乐军即将展开最后的决战。
虽然已经到了穷途末路，可方腊仍旧心气不失，他当即就要遣方杰出战，还想要成为主动出击那一方。
大元军这边，石宝、鲁智深等人也在商量，准备派杜壆出手，一举拿下实力不弱的方杰。
就在这时，永乐军方面，只听得飞马报道：“御林都教师贺从龙总督军马去救歙州，被大元军大将卢俊义活捉过阵去了。军马俱已漫散，大元军已杀到山后。”
方腊听了大惊，急传圣旨，便教收军，且保大内。
当下方杰殿后，方腊罢战，御驾回至清溪州界。
可这时，只听得大内城中喊起连天，火光遍满，兵马交加。
却是石秀、张顺等在清溪城里放起火来。
方腊见了，大驱御林军马，入城混战。
石宝等见永乐军退去，知道必是韩世忠率军来合围以及石秀、张顺等建功了，紧随其后追杀。
赶到清溪，见城中火起，石宝急令众将招起军马，分头杀将入去。
不多时，韩世忠等也杀过山来，两下接应，化做一路。
四面全是大元军，夹攻打清溪大内。
永乐军哪里能敌，只能败走。
大元诸将，四面八方杀将入去，各自去搜捉永乐军，打破了清溪城郭。
方腊得方杰引军保驾防护，率领十几万精锐，撤到帮源峒中。
大元军的大队军马，很快就全都杀入清溪县来。
众将杀入方腊宫中，收拾违禁器仗，灵器、灵石，搜检内里库藏，然后就殿上放起火来，把方腊内外宫殿尽皆烧毁，府库钱粮，搜索一空。
石宝亲自率主力大军屯驻在清溪县内善后，让鲁智深、韩世忠各率人马直抵帮源峒口围住。
且说方腊只得方杰保驾，走到帮源峒口大内，屯驻人马，坚守峒口，不出迎敌。
鲁智深、韩世忠把军马周回围住了帮源峒，却无计可入。
却说方腊在帮源峒如坐针毡，亦无计可施。
不得已之下，方腊决定跟大元军殊死一战。
方腊以永乐军精锐离开帮源峒再一次向大元军发起进攻。
摩尼教的教众再次吟颂起他们的圣歌：“焚我残躯，熊熊圣火。生亦何欢，死亦何苦？为善除恶，唯光明故。喜乐悲愁，皆归尘土。怜我世人，忧患实多……”
伴随着圣歌，这些摩尼教教徒，不顾伤亡，用密集的队形冲向大元军，两方展开了最血腥的厮杀。
如今还在方腊身边的永乐军，大多都是摩尼教的死忠，他们悍不畏死，给大元军造成了巨大的伤亡，甚至一度差点撕开了大元军的阵型。
暮霭沉沉，天色已晚，可狂热的摩尼教教徒仍在疯狂的进攻。
鲁智深和韩世忠（尤其是后者）见此，沉着冷静的利用骑兵机动性强的优势，改变硬攻正面的战术，分为东西二阵，鲁智深指挥东阵，韩世忠指挥西阵，利用骑兵急驰，不断改变东西两侧的兵力配备，一会儿集中兵力攻东，一会儿集中兵力攻西，一会儿又东西分兵同时进攻。
战术节奏的变化，使得永乐军来回奔跑不迭，一会儿援东，一会儿援西，十分疲惫。
最后，大元军以付出了不小的代价打退了永乐军的进攻。
转天。
永乐军由于兵力消耗太大，将士也全都因为前日的大战疲惫不堪，而躲在帮源峒中没有再向大元军发起进攻。
大元军也借此机会舔舐自己已经露骨的伤口。
又过一日，激战再起。
这回，鲁智深和韩世忠总结上次战斗的经验教训，觉得不能再跟悍不畏死的永乐军硬碰硬了。
——这样下去，哪怕大元军赢了，也得付出不小的代价。
永乐军的战术还是没有发生改变，依旧是使用他们最擅长的人海战术。
可大元军却在韩世忠的指挥下，改为发挥骑兵和地利的优势，不再正面决战，而是主要以游斗和靠着神臂弓、床弩、投石机来远程射杀永乐军。
这种很难碰到敌人、很难跟敌人正面厮杀的打法，让永乐军非常不适应，关键拼装备他们实在是拼不过粮草辎重充足的大元军。
没办法，方腊只能指挥永乐军，不畏生死的往大元军的营地里冲，寻求直接拼杀的机会。
可一直打到晚上，永乐军都没怎么有跟大元军正面厮杀的机会。
两天的激战，由于永乐军只会一味的猛攻，这使得永乐军的伤亡非常大，尤其是今天的进攻，不仅伤亡巨大，还没有任何建功，甚至就连郑魔王等大将都战死了，进而导致大量的永乐军的将士丧失了斗志，天一黑，就开始有永乐军的将士成百上千的逃跑。
时迁派出的走报机密特种营的将士探明了这一情况，并及时将消息报告给了鲁智深、韩世忠。
韩世忠敏锐的把握住了战机，下达了将永乐军彻底击溃的作战命令。
入夜，大元军死士潜入永乐军的营寨，然后在寨后放火。
看到火光，大元军擂鼓呐喊，全线出击。
本来就已经在跑的永乐军的将士，见此，跑得就更快了。
顷刻之间，永乐军的大寨便被大元军攻破，永乐军的将士纷纷溃逃。
方腊见大势已去，只得下令焚毁营寨，连夜逃回山上。
鲁智深和韩世忠亲自来到第一线指挥大元军随后掩杀，马不停蹄地追击永乐军。
二人此刻的目的只有一个：不能给永乐军喘息之机，必须穷追猛打，彻底击溃、乃至消灭永乐军！
永乐军的将士丢盔卸甲，逃回帮源峒。
韩世忠事先安排的埋伏起来的武松、颜树德、刘广、解珍、解宝等将，见永乐军逃来，一声令下，伏兵四起。
永乐军无心恋战，只顾拼命夺路而逃。
在这场战斗中，武松等军斩首近万级，生擒永乐军将士七万多人。