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至于从浙江搜罗来得难民，总参建议在台湾设立中转地。难民先到台湾，在台湾的营地内“囤积”一阶段之后再转运回临高。一部分人可以直接留在台湾，开发台湾的土地，形成第二个殖民地。
当然，台湾的局面要复杂一些，上面多多股势力，包括荷兰人、西班牙人和郑芝龙在上面都有自己的地盘：荷兰人控制大员，郑芝龙占据北港，西班牙人占领鸡笼（基隆）。大体从台北到台南的，沿着朝向大陆的海岸线展开。台湾的土著、马来移民和日本人在当地也有一点小势力。
不过，这些势力的规模都很小，占据的地盘也不大。荷兰人、西班牙人和郑芝龙，其势力不过是以一二个城堡支撑点为核心，占据周边很小的一块地盘。除了贸易之外就是收取福建移民和土著民的贡赋。后者的比例很小。除了郑芝龙在当地有一点组织移民搞农业开发之外，欧洲人占据这些地方的主要目的还是充当贸易据点和收集当地的土物??主要是台湾的鹿皮。
以穿越众的海陆军实力来说，消灭这些势力易如反掌。根据历史资料：西班牙人在鸡笼的全部守备力量不过90名欧洲人，再加一二百菲律宾征集来得辅助部队。荷兰人在1631～1632年度还在修筑热兰遮城，全部欧洲人驻军不超过400人。其势力范围在城堡外30公里即到了极限。1630年甚至差点被台湾土著目加溜社逼走。到1635年东印度公司大规模增兵之后才开始大规模讨伐周围的原住民村落，扩大统治区域。
因此这些势力在陆地上的威胁性都很小，说不堪一击也不为过。派遣一个步兵营加强少量炮兵就足够横扫全岛。但是在海上状况就要复杂一些。荷兰人现在是贸易伙伴，而且它在东亚的海上实力有限，不会冒着触怒元老院的风险来采取敌对行动，西班牙人在台湾附近海域只能算是“存在”。
唯一的障碍就是郑芝龙。福建沿海是他的主要活动区域，海军的运输船队经过这一地区，甚至就在台湾岛上登陆，修筑中转基地，这事绝对是瞒不住他的，如果他要发动干涉，对发动机行动就是很大的阻碍。
如果是通过台湾海峡。以和谐轮的吨位、武装和护航战舰的战力来说，郑芝龙除非发动大规模的海战，否则几乎不能产生什么威胁。海军在图上推演中，扮演郑芝龙一方的很少能够在台湾海峡捕捉到运输船队经过。换句话说，在当时的通讯航海水平下，郑芝龙就算存心要开打，也不见得能捕捉到战机。
但是，若是要在台湾本岛靠岸停泊，势必要出入台湾沿海港湾，郑芝龙就会有很多作战机会了。这一点是要放入考量中的。
大家认为，在台湾开设基地是有必要的??从开发价值来看，台湾高于海南。但是到底选额哪里作为中转基地有不同的意见。被列入选择的有多处，包括鸡笼、台南、花莲、高雄等处。
西班牙人占据的鸡笼、淡水被首先否决。尽管鸡笼附近有丰富的矿产资源，有著名的基隆煤矿和金瓜石金铜矿，但是开发难度很大，而且地理环境极其恶劣。需要投入大量的人力物力进行整治。
当时人的记载对此地也无好评：“鸡笼(Keng)及淡水(Tansoei)并非优良之碇泊地,加上附近之番人凶恶,无法交往。”、“君不闻鸡笼、淡水水土之恶乎？人至即病，病辄死。凡隶役闻鸡笼、淡水之遣，皆欷?[悲叹,如使绝域；水师例春秋更戍，以得生还为幸。彼健儿役隶且然,君奚堪此。”
鸡笼、淡水都位于台湾北部,这里是全岛降水最丰富的区域,每年降水量在3000毫米以上。在通常年份,台北有半年时间都在下雨。雨水过多的区域有利于植物和微生物生长,但不利于人类。因而明清时期的福建人将台北称为瘴疠之地,移民在当地的死亡率很高。把中转地基设在这里，死亡率是可想而知了。