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虽然政治保卫总局划归仲裁庭，但是马甲认为这种机构自己还是只负责行政领导为好，对具体的事务不宜插手太深。但是仲裁庭需要一个自己的调查部门，马甲吸取了日本的检察厅的概念，成立了仲裁庭调查部，马甲授予他有独立调查权。
而新成立的法律顾问办公室并非仅仅是混吃等死类的“研究所”，马甲赋予其的主要任务是立法??大量的立法。包括各种内部规章制度。穿越集团现在在这方面完全是空白，处理事情上是典型的“首长意志”的体现。
马甲认为这种状态急需改变。事实证明，一套好得制度胜过最英明的领导??更何况最英明的领导往往会不知不觉被巨大的权力和威望俘虏，沦为最恐怖的独裁者。穿越集团的小团体性质使得权力更容易被集中，出现独裁者的可能性愈来愈大。
必须在早期就把这种可能性扼杀在萌芽状态。所以在这次组织机构调整中，法学俱乐部出谋划策最多，大量的互相制约的手段都出自这个俱乐部。而领导们或者是真心拥护内部民主，或者是恐惧于在斗争中失败的可怕下场，纷纷支持法学俱乐部的改组措施。
除了引入了9执委制度加强集体领导之外，新体制大幅度的降低了原先的人民委员会的地位。过去有一些人民委员，如农业人民委员、民政人民委员在事实上都是执委。而另外一些人民委员却不是执委，这样容易给人造成混淆，不可避免的引起了许多内部的纷争。
现在人民委员被“一刀切”，统一不再是执委会的成员，级别上和过去的“部”一样了。只是在地位上象征性的略高于“部”一级。
机构调整也使得过去一些影响力特别大的委员会降低了，比如原先的农业委员会和民政委员会，现在都只是中央政务院下面的一个部门而已。不再有执委会的发言权。吴南海保留了他的农业人民委员的头衔，却被直接排挤出了执委会；邬德虽然高升到9执委之一，当上了企划院总裁这样一个关键性的岗位，却彻底的脱离了他最为熟悉的民政人民委员会。
至于穿越集团的暴力机构，不管是军队、警察、情报、特务机构在这次调整中地位全部下降。不仅陆、海军人民委员被完全排挤出了权力核心，军政军令分开体制进一步的降低了陆海军人民委员的实际地位和权力。为将来由文职人员出任陆海军人民委员奠定了基础。至于警察总局变成了中央政务院管辖的民事部门。政治保卫总局更是下降到仲裁庭的管辖之下。
政治保卫总局被划归仲裁庭，首先是不让国务卿掌握太多的暴力机构资源；其次是降低政治保卫局的地位??直辖于执委会这个名分太大。
同理的是新组建的对外情报局，不仅明确它的职责是“对外”，避免其对集团内部事务插手，而且将其归属在中央政务院体制下。
最后调整形成的组织结构是这样的：
由国务卿直接管辖的：民政委员会、农业委员会、卫生委员会、电信总公司、邮政交通委员会、电力公司、水务局、临高建筑总公司、宣传部、教育部、商业部、宗教事务办公室、黎区事务办公室、警察总局、对外情报局。
由企划院总裁管辖的即原来计委的管辖的部分，另外并入资源部、远程勘探队。
制造总监管辖：机械工业部、能源部、冶金部、轻工业部和科技部。
殖民及贸易长官管辖：外事部、外贸公司、驻外站、殖民事务部。
财政总监管辖：财政部、特别审计委员会、德隆银行、税务总署、海关总署、专卖局。
军务总管管辖：总参谋部、后勤司令部、陆军部、海军部、训练总监部、特侦队司令部。
仲裁庭代表管辖：四个法庭、公证处、仲裁庭调查执行部、政治保卫局。